Program Radio Šibenika prvi put je emitiran 2. 11. 1968. u popodnevnim satima uoči 3. studenoga, Dana oslobođenja Šibenika. Prva redakcija radija nalazila se u Ulici Petra Grubišića 3, a program se emitirao u prilično skromnim tehničkim uvjetima.
Radio Šibenik počeo je raditi u okviru Centra za kulturu, čiji je direktor bio Drago Putniković. Prva urednica bila je Asja Marotti, prva novinarka Ljiljana Radmilović, prvi spikeri Jadranka Petrina i Goran Luketa, a prvi tehničar Joško Bujas.
Godine 1978. Radio Šibenik izlazi iz Centra za kulturu i postaje dio Informativnog centra (osnivač Socijalistički savez) zajedno s obnovljenim Šibenskim listom. U nove prostorije u Ulici Božidara Petranovića redakcija seli 1985. godine u mnogo bolje uvjete s profesionalnom radijskom opremom, počinje emitirati cjelodnevni program (direktorica Davorka Blažević, urednica Živana Podrug, šef tehnike Ivo Lesić).
Najsvjetlije stranice svoje povijesti Radio Šibenik ispisuje u vrijeme Domovinskog rata, kada je mnogim Šibenčanima u skloništu bio jedina veza s onim što se događalo u gradu i u Hrvatskoj.
Nakon nekoliko teških godina i dvogodišnjeg stečaja, Županijski Radio Šibenik danas se nalazi na novom početku u novim prostorijama, s novim vlasnikom.
Iz Radio Šibenika u nacionalne medije otišli su, među ostalima, Zoltan Kabok, Denis Latin, Ante Batinović, Neno Kužina, Boško Picula, Silvana Menđušić, Darko Labor, a Šibenčani dobro pamte i glasove onih kojih danas više nema, poput Mirka Sekulića i Marine Radić.
Županijski Radio Šibenik slavi 50. godina danas u programu od 6 do 18 sati uz poseban rođendanski program, u kojem će gostovati legende radija koji su svojim glasom brendirali Radio Šibenik u prepoznatljiv medij.